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LLPの存続期間の途中で組合持分が譲渡された場合には、それをLLPの会計に適切に反映させることができなければ、LLPから資産や営業を譲渡したときに二重課税となる恐れがあります。また、これは税務上の問題ではありませんが、LLP契約において各組合員の出資の価額が必要的記載事項とされているため、組合持分を譲渡したときに新しく組合員となったＣの出資の目的と出資の価額をどのように記載するのかという問題もあります。
同様の諸問題は、単にＡが組合を脱退し、LLPがＡにその持分を金銭で払い戻した場合でも生じますが、組合持分を処理したときは、いっそう複雑な形で税務および会計上の問題が生じます。なお、LLPの組合持分のうち、一部については証券取引法上みなし有価証券となりますが、法人税法上は、匿名組合出資と同様、有価証券とはなりません。

出資割合と損益分配割合が異なる場合やはり２名の組合員ＡとＢで損益分配５０：５０としてLLPを設立し、設立時にＡが４００、Ｂが１６００の出資をしたとします。 LLP法上、出資割合と異なる損益分配割合を定めることが一定限度で可能（３３条は「経済産業省令で定めるところにより別段の定めをした場合」としています）とされていますので、規則３６条に従って別段の定めをした場合にはこうしたことが起こります。
この場合、Ａは出資時に６００の利益を得たことになるのか（その際の考え方としては、４００出資して、４００＋１６００＝２、０００の５０％である１０００の持分を得たので、１０００-４００＝６００と考えるのか､４００の５０％の２００をＢに譲渡し､Ｂから１６００の５０％の８００を得たので、８００-２００＝６００と考えるのか、２通りあります)、規則３６条で認められるような損益分配割合を定めたときは出資に際して課税が生じないものとなるのか､現在のところわかりません。米国のパートナーシップの場合、やはり出資割合と異なる損益分配割合を定めることが認められますが、それはeconomiceffecttestをクリアしなければならないとされています。
しかし、economiceffecttestの内容は明確ではなく、実務的にも出資割合と異なる損益分配割合を定める例は通常みられません。規則３６条の解釈として具体的にどのような場合に損益分配割合を出資割合から飛離させることが合理的と認められるのか、その場合の課税関係がどうなるのかが注目されます。
（３）平成１７年度税制改正出資を限度とした損失の経費計上・損金算入平成１７年度税制改正では、組合（民法上の組合、投資事業有限責任組合、匿名組合等）を利用した租税回避行為を抑制するために、組合の損失の分配について、組合事業に関する責任が一定限度に制限されている組合員については、その限度においてのみ所得税法上の経費ないし法人税法上の損金として認めることとする改正がなされました。 LLPについても同様の租税回避行為を抑制する必要があることから、平成１７年度税制改正では、LLPの法人組合員および個人組合員についても、同趣旨の規定を設けることとしました。
個人組合員については、租税特別措置法２７条の２第１項において、組合事業から生ずる不動産所得､事業所得または山林所得がある場合、｢当該組合事業によるこれらの所得の損失の金額として政令で定める金額があるときは、当該損失の金額のうち当該組合事業に係る当該個人の出資の価額を基礎として政令で定めるところにより計算した金額を超える部分」については、その年の不動産所得、事業所得または山林所得の計算上、必要経費に算入しないこととされています（個人組合員については、算入できなかった損失を翌年度以降に繰り越すことはできません)。法人組合員については、租税特別措置法６７条の１３において、組合事業による「損失の額として政令で定める金額が当該法人の当該組合事業に係る出資の価額を基礎として政令で定めるところにより計算した金額を超える場合」には、その事業年度の所得の計算上、その超える部分（組合損失超過額）のうち、当該組合事業による当該事業年度の利益の額までしか損金に算入できないこととされています｡ただし、損金算入できなかった損失については、翌事業年度以降に繰り越すことができます（連結納税の場合には、租税特別措置法６８条の１０５の３に同様の規定があります)。
外国組合員に対する利益分配にかかる源泉徴収従来、日本で事業を営む民法上の組合の外国組合員（非居住者および外国法人）が当該組合から受ける利益分配については、１号所得として申告納税によっていました。しかし、外国組合員による申告納税義務の履行を確保するには困難があることから、平成１７年度税制改正では、「組合契約に基づいて配分を受けるもののうち政令で定めるもの」を、所得税法１６１条１号の２として、１号所得から分離したうえで、外国組合員が日本にＰＥを有している場合に限り、２０％の源泉徴収をすることになりました（所得税法２１２条１項)。
日本で民法上の組合を組成した場合には、日本にＰＥを有することになりますから、この源泉徴収の対象となることになります。源泉徴収をするのは、配分をする者（たとえば組合の代表者）です（同条５項)。

LLP契約は、所得税法１６１条１号の２の「これに類するものとして政令で定める契約」に該当することになる予定で、したがって、LLPの外国組合員への利益分配は源泉徴収の対象となることとなります。ただし、外国法人組合員（外国法人の組合員）で、LLP以外にＰＥを有している場合には、法人税の申告納税義務の履行が期待できることから、所得税を課さないこととし（所得税法１８０条１項)、外国個人組合員（非居住者の組合員）で、LLP以外にＰＥを有している場合は、所得税の申告納税義務の履行が期待できることから、源泉徴収を要しないこととしています（所得税法２１４条１項)。
LLPの組合員所得計算書の提出LLPの会計帳簿を作成する組合員は、財務省令で定めるところにより、LLPの各組合員に生ずる損益の額について、組合員所得に関する計算書を、組合の事業年度の終了の日の属する年の翌年１月末までに税務署長に提出することが義務付けられています（所得税法２２７条の２)。 LLPの内部組織（１）内部組織の理念型法人の場合、出資者たる社員や株主、法人の経営管理権限を有する理事や取締役、法人の業務や会計を監査する監事や監査人、の三者がおり、それらがそれぞれ単独で、または、複数名いるときは集団で意思決定機関を構成して権限を行使することにより、三者のいずれからも独立した事業体としての法人の目的を遂行します｡法人の事業とは、法人の財産を､決められた目的のために運用することを意味しますが、その基となる目的を決定して財産を拠出し、必要があれば目的に変更を加えるのが社員や株主です。
しかし、目的が決まっていてもそれをどのような方法で実現するかは多様であり、具体的にどのように事業を遂行していくのかは、論理的一義的に決められるものではありません。そこでそのアイディアを出し､いくつかの選択肢の中から選択し、選択したアイデイアを現実に実行するプロセスが必要となります。

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